Se a obra é largamente conhecida, o mesmo não se pode dizer a respeito do autor. Pouco, ou quase nada, se tem falado a respeito deste português da cidade de Torres de Tavares, que morreu há 300 anos na Batávia (atual ilha de Java, Indonésia). O que se conhece hoje da vida de Almeida está registrado na "Dedicatória" de um de seus livros e nas atas dos presbitérios de Igrejas Reformadas do Sudeste da Ásia, para as quais trabalhou como pastor, missionário e tradutor, durante a segunda metade do século XVII.
De acordo com esses registros, em 1642, aos 14 anos, João Ferreira de Almeida teria deixado Portugal para viver em Málaca (Malásia). Ele havia ingressado no protestantismo, vindo do catolicismo, e transferia-se com o objetivo de trabalhar na Igreja Reformada Holandesa local. Dois anos depois, começou a traduzir para o português, por iniciativa própria, parte dos Evangelhos e das Cartas do Novo Testamento em espanhol. Além da Versão Espanhola, Almeida usou como fontes nessa tradução as Versões Latina (de Beza), Francesa e Italiana - todas elas traduzidas do grego e do hebraico. Terminada em 1645, essa tradução de Almeida não foi publicada. Mas o tradutor fez cópias à mão do trabalho, as quais foram mandadas para as congregações de Málaca, Batávia e Ceilão (hoje Sri Lanka). Mais tarde, Almeida tornou-se membro do Presbitério de Málaca, depois de escolhido como capelão e diácono daquela congregação.
O tradutor permaneceu em Málaca até 1651, quando se transferiu para o Presbitério da Batávia, na cidade de Djacarta. Lá, foi aceito mais uma vez como capelão, começou a estudar teologia e, durante os três anos seguintes, trabalhou na revisão da tradução das partes do Novo Testamento feita anteriormente. Depois de passar por um exame preparatório e de ter sido aceito como candidato ao pastorado, Almeida acumulou novas tarefas: dava aulas de português a pastores, traduzia livros e ensinava catecismo a professores de escolas primárias. Em 1656, ordenado pastor, foi indicado para o Presbitério do Ceilão, para onde seguiu com um colega, chamado Baldaeus.
Ao que tudo indica, esse foi o período mais agitado da vida do tradutor. Durante o pastorado em Galle (Sul do Ceilão), Almeida assumiu uma posição tão forte contra o que ele chamava de "superstições papistas," que o governo local resolveu apresentar uma queixa a seu respeito ao governo de Batávia (provavelmente por volta de 1657). Entre 1658 e 1661, época em que foi pastor em Colombo, ele voltou a enfrentar problemas com o governo, o qual tentou, sem sucesso, impedi-lo de pregar em português. O motivo dessa medida não é conhecido, mas supõe-se que estivesse novamente relacionado com as idéias fortemente anti-católicas do tradutor.
Foi também durante sua estada no Ceilão que, provavelmente, o tradutor conheceu sua mulher e casou-se.
Vinda do catolicismo romano para o protestantismo, como ele, chamava-se Lucretia Valcoa de Lemmes (ou Lucrecia de Lamos). Um acontecimento curioso marcou o começo de vida do casal: numa viagem através do Ceilão, Almeida e Dona Lucretia foram atacados por um elefante e escaparam por pouco da morte. Mais tarde, a família completou-se com o nascimento de um menino e de uma menina.
A partir de 1663 (dos 35 anos de idade em diante, portanto), Almeida trabalhou na congregação de fala portuguesa da Batávia, onde ficou até o final da vida. Nesta nova fase, teve uma intensa atividade como pastor. Os registros a esse respeito mostram muito de suas idéias e personalidade. Entre outras coisas, Almeida conseguiu convencer o presbitério de que a congregação que dirigia deveria ter a sua própria cerimônia da Ceia do Senhor. Em outras ocasiões, propôs que os pobres que recebessem ajuda em dinheiro da igreja tivessem a obrigação de freqüentá-la e de ir às aulas de catecismo. Também se ofereceu para visitar os escravos da Companhia das Índias nos bairros em que moravam, para lhes dar aulas de religião - sugestão que não foi aceita pelo presbitério - e, com muita freqüência, alertava a congregação a respeito das "influências papistas."
Ao mesmo tempo, retomou o trabalho de tradução da Bíblia, iniciado na juventude. Foi somente então que passou a dominar a língua holandesa e a estudar grego e hebraico. Em 1676, Almeida comunicou ao presbitério que o Novo Testamento estava pronto. Aí começou a batalha do tradutor para ver o texto publicado - ele sabia que o presbitério não recomendaria a impressão do trabalho sem que fosse aprovado por revisores indicados pelo próprio presbitério. E também que, sem essa recomendação, não conseguiria outras permissões indispensáveis para que o fato se concretizasse: a do Governo da Batávia e a da Companhia das Índias Orientais, na Holanda.
Escolhidos os revisores, o trabalho começou e foi sendo desenvolvido vagarosamente. Quatro anos depois, irritado com a demora, Almeida resolveu não esperar mais - mandou o manuscrito para a Holanda por conta própria, para ser impresso lá. Mas o presbitério conseguiu parar o processo, e a impressão foi interrompida. Passados alguns meses, depois de algumas discussões e brigas, quando o tradutor parecia estar quase desistindo de apressar a publicação de seu texto, cartas vindas da Holanda trouxeram a notícia de que o manuscrito havia
Em 1681, a primeira edição do Novo Testamento de Almeida finalmente saiu da gráfica. Um ano depois, ela chegou à Batávia, mas apresentava erros de tradução e revisão. O fato foi comunicado às autoridades da Holanda e todos os exemplares que ainda não haviam saído de lá foram destruídos, por ordem da Companhia das Índias Orientais. As autoridades Holandesas determinaram que se fizesse o mesmo com os volumes que já estavam na Batávia. Pediram também que se começasse, o mais rápido possível, uma nova e cuidadosa revisão do texto.
Apesar das ordens recebidas da Holanda, nem todos os exemplares recebidos na Batávia foram destruídos. Alguns deles foram corrigidos à mão e enviados às congregações da região (um desses volumes pode ser visto hoje no Museu Britânico, em Londres). O trabalho de revisão e correção do Novo Testamento foi iniciado e demorou dez longos anos para ser terminado. Somente após a morte de Almeida, em 1693, é que essa segunda versão foi impressa, na própria Batávia, e distribuída.